اولین و قدیمی‌ترین بخش موزه تاریخ طبیعی که بالغ بر 4000 نمونه جانوری را در دو گروه مهره‌ داران (ماهیها، دوزیستان، خزندگان، پرندگان و پستانداران) و بی‌مهرگان (انواع اسفنج ها، مرجان‌ها، کرم ها، نرم تنان، بندپایان و خارپوستان) دربر می‌گیرد. این جانوران در سالن‌های مرکزی در دو طبقه در معرض دید بازدیدکنندگان قرار گرفته اند.

 

عمده فعالیتهای این بخش در سه قسمت پژوهشی، آموزشی و نمایشی انجام و ارائه می شود. در قسمت نمایشی نیز از جانوران مختلف با ذکر نام، محل جمع آوری، تاریخ جمع آوری، مختصری از بیولوژی و روش مبارزه با آنها قاب های آموزشی مختلفی تهیه شده و در معرض بازدید و آموزش عموم قرار گرفته است. . به طور کلی هدف از فعالیت های این بخش جمع آوری، شناسایی علمی و تاکسونومیکی جانوران و بررسی نحوه زندگی و بیولوژی آنها و در کل معرفی این موجودات برای بازدید کنندگان می باشد.

از نمونه های کم نظیر، جذاب و دیدنی این بخش آکواریوم 7 متری ماهی های آب شیرین، نقش برجسته سیاه خان لپویی(مردی با 259 سانتیمتر قد) که نمودی از دو بیماری غول آسایی (ژیگانتیسم) و آکرومگالی را نشان می دهد، سیر تکامل جنین انسان، عجیب الخلقه هایی چون مرغ چهارپا، جنین دوقلوی به هم چسبیده، گوساله دو سر، انواع حشرات، صدفها، مرجانها و ... را می توان مشاهده نمود.